东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，反对“矿使”、“税监”，甚至敢于冒犯“龙颜”。当凤阳巡抚李三才受到内阁大臣论处的时候，在东林书院讲学的顾宪成就上书给叶向高、孙丕扬，称颂李三才的政绩。御史吴亮把顾宪成的信抄在邸报中，使攻击李三才的人大为恼火。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经查抄了太监陈增的爪牙程守训的几十万赃款及大量的奇珍异宝，并将程守训依法治罪，办了一件大快人心的好事。他还在万历二十七年和二十八年，多次上疏，陈述矿税的弊害。万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防范水旱，这些主张非但没有被采纳，反而被罚了5个月的俸禄。李三才在反对矿使税监的奏章中指责神宗皇帝：“陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？”
朝廷对李三才起用不决，礼部右侍郎、詹事府詹事公鼐飏言曰：“今封疆倚重者，多远道未至。三才猷略素优，家近辇毂，可朝发夕至也。”侍郎邹元标趣使尽言，以言路相持而止。后御史叶有声追论公鼐与三才为姻，徇私妄荐，在朝廷魏忠贤的一手操控下，礼部侍郎公鼐被罢官削职。
对于后妃干政和宦官专权，东林党人始终加以反对，哪怕是削职罢官，逮捕问罪也坚持不改。在“争国本”事件和以后发生的“梃击”、“红丸”、“移宫”三案中，东林党人都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者。
东林党人还在“京察大计”中力图整肃吏治。“京察”和“外察”是对官吏进行考耗两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用。 万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是赵南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。到了万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅，这一年的“京察大计”，东林党人受到很大的打击。这样一来，就形成了一种朋党混争的局面，东林党饶政治主张也和他们排除异己的动机纠缠不情了，给攻击他们的人制造了口实。
神宗时期，神宗长时间不上朝理政，久居深宫过着"每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒”的生活，身边的侍者办事稍不称意"辄毙杖下"。且又极其贪婪，恨不得把下财货都搜刮进宫中供其挥霍。把大批太监派作"矿使”、"税监”前往各地横征暴敛，搞得民怨沸腾。他把朝廷官员的任免都丢在一边，使在职的官吏无法得到升迁，空缺的职位难以及时补充。最糟糕的时候，六部的尚书只有一位，都御史10年不补。当时有一个名叫袁可立的御史曾经借雷震景德门的机会连续上疏直指皇帝：“礼祀不亲，朝讲未视，章奏不以时批答，废弃不皆录用（《睢州志》）”，终于惹怒神宗皇帝，被削职为民二十六年。首辅大臣也相继上了100多道奏章请求，帝皆不听。为了增置不足的内阁大臣，首辅大臣竟然上了100多道奏章请求。这样一来，就助长了朝野上下的派别纷争愈演愈烈。
1621年( 启元年)，公鼐看到改元后不到半年，御史因进言而受到责罚的有十几人，连续两次上疏，对皇帝及辅臣加以规劝。但是此时的熹宗已被宦官魏忠贤操纵，公鼐得到的是“谯责”、“忏旨”。做为两任皇帝老师的公鼐对专权乱政的魏忠贤之流深恶痛绝，加之编纂《光宗实录》一事触怒魏忠贤，“群恶其害已，尽力排挤，不得大用”。
魏忠贤逐渐专权乱政的情况下，启初，性格耿直的礼部右侍郎、詹事府詹事的公鼐成为受打击的对象，在帝党、后党、宦官、朝臣的斗争中，刚直峻介的公鼐不愿陷入相互攻讦的党派斗争，又不允许宦官魏忠贤诬陷忠良，为纠正魏忠贤等人散布的流言蜚语，他愤然上书熹宗，要求由他主持编纂《光宗实录》，秉笔直书光宗政绩和宫闱中委曲隐秘之事，“存其真不存其伪”，“以成一朝信史。”熹宗没有批准他的建议。
与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯和方从哲等人，他们被称为"浙党”。另外还有什么"秦党”，成员都是陕西籍的官僚，还有什么"齐党”、"楚党”、"宣党”，都是以首领的籍贯命名的。"秦党”的政见与"东林党”相吻合，其他各"党”都与"浙党”声气相通，党争之风甚嚣尘上。
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