就这样，斯克鲁人在自己完全不知道的情况下，被纳入了星灵帝国的保护范围，而在接下来的数千年，星灵帝国也逐渐发现了其他一些孕育生命的星球，但是他们都没有孕育高等智慧生命，整个仙女系目前就只有斯克鲁人一个外星智慧种族了。
星灵帝国在这段时间也探索了附近的其他星系，但也没有找到新的高等智慧生命，獠牙王曾经的藏身之处也被找到了，可惜早已人去楼空，不过卡莱尔在那个地方发现了一座黑暗神殿，星灵帝国在检测到高能黑暗能量反应之后，非常果断地在高空轨道净化了那颗星球。
这一千年来，斯克鲁人也建立了属于自己的帝国，他们的主流信仰是建立了斯克鲁帝国的领袖克莱布恩和勒古尔特，不过在暗地中，信仰灵界诸神的修行者们也一直在暗中保护着斯克鲁星，他们和一群信奉黑暗之神的斯克鲁人进行着对抗。
在斯克鲁帝国的建立中，难免有一些人受到了黑暗的蛊惑，成为了黑暗之神的仆从，星灵帝国曾经对其进行过研究，发现了黑暗维度的存在，那是一个和灵能界截然不同的世界，充斥着邪恶与黑暗的力量。
通过对黑暗维度的研究，星灵帝国的工程师们改进了目前的侦测器，使得侦测器能够快速分辨黑暗能量，这一发现能够帮助他们尽快地找到那些来自黑暗维度的爪牙。
不过这些黑暗仆从，星灵帝国内部也对其进行了讨论，最后一致认为该文明的叛徒应该让该文明自己解决，在不涉及到亡国灭种之前，星灵帝国不应该过多的干涉。
斯克鲁人成功踏上了太空之路，星灵帝国在他们的探测器飞出母星系后，派遣了一位外交官和他们进行交流，面对来自先进文明的外交官，斯克鲁人明显有些忌惮与担心，不过在星灵帝国阐述了自己的理念，并且告知了斯克鲁帝国目前星灵帝国的边界之后便离开了，斯克鲁帝国这才知晓，在这片星系已经存在一个强大的保护者，自己能够平安发展到现在的地步也多亏了星灵帝国的庇护。
不过接下来的发展就要看他们自己的了，星灵帝国不会再关注他们，除非亡国灭种，而告知边境线也让斯克鲁人不得不考虑前往其他星系发展的前景，毕竟星灵帝国的地盘几乎占据了整个仙女系，只剩下斯克鲁星和附近的几个恒星系。
斯克鲁人很快便接受了这个事实，他们开始大力研发起如何前往其他的星系，辛运的是他们很快便在斯克鲁星附近发现了一个跳跃点，跳跃点是宇宙中的天然虫洞，能够快速将舰船投送到对面，不过斯克鲁人并不知道，他们的这个跳跃点是星灵帝国特意为他们制造的。
通过跳跃点，斯克鲁人开始在三角座星系进行发展，三角座在仙女系附近，也是这个跳跃点的目的地，星灵帝国早就探测了那个星系，并没有发现什么生命体，便将这个地方连接了斯克鲁星。
又是一个千年，斯克鲁帝国也加入了寻找智慧生命的行列，宇宙如此孤独实在是让人难以忍受，而星灵帝国又太过神秘，数千年来只出现过一次，在拥有成熟的空间跳跃技术之后，斯克鲁人开始自己搭建星门来进行空间跳跃，天然虫洞毕竟属于少数，而在一些空间薄弱点搭建星门能够更方便地进行宇宙航行。
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