一批被万历处理过的东林党人如邹元标、赵南星、高攀龙、王之寀、乔允升、叶向高等也纷纷还朝，担任要职。顾宪成己于万历四十三年死去，不然也应重列朝堂。启初年，东林党人布列满朝，分据内阁、吏部、都察院及六科、十三道各部门，一时势力大炽。
东林党当权以后，对非东林党人进行了报复，以梃击、红丸、移宫三案（详细内容见后）为议题，排挤驱逐非东林党人。
非东林党人也不是省油的灯，他们纷纷投靠启的亲信太监魏忠贤，结成所谓殉与东林党对抗，很快扭转了被动挨打的局面。东林党人又把矛头指向魏忠贤，魏忠贤得到启的支持，形势急转直下，东林党最终被打入深渊。
魏忠贤，河北肃宁县人，原名李进忠，本己娶妻生子，万历十七年（1589年），因欠赌资被人追债，不得己将老婆改嫁他人，自行阉割当了太监。魏忠贤目不识丁，但为人机灵，有谋略。他判断皇长孙朱由校迟早会即位，于是竭尽全力接想近这位未来的皇位继承人。
朱由校的奶妈客氏，18岁入宫，第二年丈夫去世，成了寡妇，后来她耐不住寂寞和太监魏朝搞得火热。魏忠贤通过巴结魏朝，结识了客氏，并由她引荐当上了朱由校的母亲王才饶典膳，进入了朱由校的生活圈子。
没想到魏忠贤这子不厚道，不久就过河拆桥，当起邻三者，与魏朝争起了客氏。由于魏忠贤属于成人后才去势，娶过妻生过子，比起从就阉割的一般太监更象个男人，凭着这个生理优势，魏忠贤赢得了客氏的欢心，战胜了魏朝。
朱由校从由客氏带大，因此对她感情极深，长大以后也离不开她。所以，当上皇帝后不到一个月就封客氏为“奉圣夫人”，在事实上取代了李选侍在后宫的位置。在客氏的帮助下，魏忠贤也从惜薪司太监的岗位上被提拔为司礼监秉笔太监。
魏朝看到朱由校继位后客氏奇货可居，就想重新夺回客氏。一晚上，两人酒后争抢客氏，叫骂声被启听见。启知道客氏心向魏忠贤，就责备了魏朝。不久魏朝被发往凤阳，魏忠贤派人将其缢杀。
王安是光宗的亲信太监，启继位时也出过力，深得启信任。随着客、魏地位的上升，与王安形成了竞争，双方矛盾尖锐。
从某种角度上，太监也是臣，是内臣。宫中太监对权力的争夺，比朝臣还要激烈。由于明代外廷大员常与宫中太监勾结，互相影响，朝中宫内各种矛盾交织在一起，十分复杂。
启元年四月，启帝大婚。东林党人、阁臣刘一燝上言“请”客氏出皇宫，未果。此事很难没有王安的影子，从此，东林党与魏忠贤结下了梁子。
七月，给事中霍维华听王安和魏忠贤势如水火，为巴结魏忠贤，上疏弹劾王安。魏忠贤矫诏允告，将王安“降作净军，发去南海子，看守墙铺”。魏忠贤又借刀杀人，派王安的死对头，太监刘朝任南海提督。刘朝到任后立刻对王安下手，他先是停了王安的伙食，想把他饿死，可是王安生存能力很强，到处挖野菜充饥，三还没饿死。刘朝等得不耐烦了，命人将其缢杀。
年底，阁臣刘一燝、吏部尚书郑嘉谟利用职权报复霍维华，将其降调陕西佥事。
霍维华同党，给事中孙杰弹劾一燝、嘉谟。认为霍维华没有过失，一燝、嘉谟此举是为了给王安报仇，是徇私枉法。在魏忠贤运作下，二人被免。
双方你来我往，互不相让，万历末期的党争局面又死灰复燃，重新炽热起来。
从启三年（1623年）起，东林党人与其他派系矛盾激化，这年初，东林领袖赵南星新任左都御史，他利用六年一次的京察算旧帐，许多过去反对过东林集团的人被罢黜。同年晚些时候，赵南星出任吏部尚书，他到任后立即开始从全国特别是从北京的政府中根除他和他朋友的对手。
东林党的活动升级，引起了启的注意，这年，他任命魏忠贤兼掌东厂，就有整治结党的用意。
启四年春，魏忠贤将东林党人内阁中书汪文言下狱，开始对东林党下手。魏忠贤为什么会拿无名卒汪文言开刀呢，因为汪文言实在是一个很不简单的人物。
万历末年，就在东林党日暮西山的时候，有一颗新星冉冉升起，挽东林于危亡，这个人就是汪文言。
汪文言，安徽歙县人，是继顾宪成、李三才之后，东林党又一个着名的活动家。此人既非官员，也无功名，但为人讲义气，有智谋，善权变。
汪文言曾在县衙里当差，从事过狱讼相关工作，收点钱，打通关节，捞个人这样的事自然少了不，因此在工作中培养了很强的“活动”能力。一次偶然的机会，他结识了闲居在乡的东林党官员于玉立。于玉立很欣赏他，派他到京城活动，为了方便他开展工作，于玉立还花钱替他捐了一个监生的资格，让他进了国子监。
国子监这个舞台使汪文言如鱼得水，他的活动能力得到发挥，很快就和大量官员建立了密切关系，史书记载他“游诸贤豪间，恂恂若无所为者。蹑足孱语，时见端绪”，汪文言蹑手蹑脚的样子与水浒传中的时迁有几分相似，因此他在《东林点将录》中被称为鼓上蚤汪文言。
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